Das Kompetenzzentrum legt in seiner Geschäfts- und Verfahrensordnung ein Verfahren zur Behandlung von Beschwerden auf das negative Abweichen eines zertifizierten Systems nach dem Konformitätsbewertungsverfahren fest. 

Sofern informationstechnische Systeme nach Abschluss des Konformitätsverfahrens gemäß § 387 SGB V zertifiziert sind, jedoch ein Verstoß gegen die festgelegten Interoperabilitätsanforderungen nachgewiesen wird oder der Verdacht eines Verstoßes besteht, kann eine Beschwerde eingereicht werden. Die/der Hinweisgebende erhält binnen sechs Wochen nach Eingangsbestätigung eine Information zum Status und den nächsten Schritten des Verfahrens. 

Sofern bekannt wird, dass das vorliegende System nicht den verbindlich festgelegten Anforderungen nach Anlage 1 der GIGV entspricht, kann das entsprechende Zertifikat durch das Kompetenzzentrum zurückgenommen werden.

• Anlass einer Beschwerde sind Anzeichen eines Systems darauf, dass es nicht oder nicht mehr dem Zustand entspricht, der mit dem Zertifikat bestätigt wurde. Somit liegt eine negative Abweichung des zertifizierten Systems von den verbindlich festgelegten Anforderungen vor.
• Beschwerdeführer: jede natürliche oder juristische Person kann eine Beschwerde zu negativen Abweichungen eines zertifizierten Systems bei dem Kompetenzzentrum für Interoperabilität einreichen und dazu einen Hinweis über das auf der Wissensplattform INA bereitgestellte Verfahren geben.

Der Hinweis muss folgende Angaben umfassen:

• Name und Anschrift der Beschwerdeführerin oder des Beschwerdeführers
• Darlegung und Begründung der Beschwerde sowie der Weg des Bekanntwerden des Mangels durch den Hinweisgebenden
• Name und Anschrift des Herstellers des betroffenen informationstechnischen Systems
• Softwarename gemäß Herstellerproduktbezeichnung des abweichenden zertifizierten Systems. Falls vorhanden, inkl. Software-Versionsnummer

• Nach Einreichen des Hinweises erhält die/der Hinweisgebende innerhalb von einer Woche eine Bestätigung zum Eingang der Beschwerde.
• Das KIG geht dem Hinweis nach, ermittelt den Sachverhalt und kann die Beratung durch das Expertengremium in Anspruch nehmen.
• Die/der Hinweisgebende erhält binnen sechs Wochen nach Eingangsbestätigung eine Information zum Status und den nächsten Schritten des Verfahrens.
• Die/der Hinweisgebende sowie der Hersteller oder Anbieter des zertifizierten Systems, dem das Zertifikat ausgestellt wurde, haben das Recht, gehört zu werden. Der Hersteller/ Anbieter wird um schriftliche Stellungnahme gebeten. Bei Unklarheiten kann das KIG bei dem Hinweisgebenden oder Hersteller/ Anbieter weitere Informationen einfordern und um konkretere Erläuterung bitten.
• Das KIG trifft eine Entscheidung über die Beschwerde. Diese kann
  1. eine Bestätigung der ursprünglichen Zertifizierung,
  2. deren Änderung oder
  3. Aufhebung umfassen.
• Relevante Änderungen werden auf Wissenplattform INA veröffentlicht bzw. vorhandene Einträge werden aktualisiert.